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La recherche dans notre laboratoire vise à développer des technologies pour étudier les mécanismes par lesquels les réseaux de gènes contrôlent l’auto-organisation des cellules en tissus complexes en trois dimensions au cours du développement, ainsi que les modifications de cette organisation qui se produisent dans les maladies. Cela inclut des approches pour collecter de nouveaux types de données ainsi que des algorithmes pour analyser ces données. Les techniques que nous utilisons comprennent l’édition de gènes (CRISPR), la transcriptomique spatiale, le séquençage de l’ARN d’une seule cellule, la microscopie et les méthodes informatiques pour l’analyse d’images et les statistiques. Nous développons nos outils dans des tissus tels que le cerveau ou les tumeurs.
Les domaines de recherche spécifiques du laboratoire sont les suivants :
Binan L, Danquah S, Valakh V, Simonton B, Bezney J, Nehme R, Cleary B, Farhi SL. bioRxiv [Preprint]. 2023 Dec 1:2023.11.30.569494. doi: 10.1101/2023.11.30.569494. Update in: Cell. 2025 Apr 17;188(8):2141-2158.e18. doi: 10.1016/j.cell.2025.02.012. PMID: 38076932; PMCID: PMC10705493.
Yao D, Binan L, Bezney J, Simonton B, Freedman J, Frangieh CJ, Dey K, Geiger-Schuller K, Eraslan B, Gusev A, Regev A, Cleary B. Nat Biotechnol. 2024 Aug;42(8):1282-1295. doi: 10.1038/s41587-023-01964-9. Epub 2023 Oct 23. PMID: 37872410; PMCID: PMC11035494.
Stogsdill JA, Kim K, Binan L, Farhi SL, Levin JZ, Arlotta P. Nature. 2022 Aug;608(7924):750-756. doi: 10.1038/s41586-022-05056-7. Epub 2022 Aug 10. PMID: 35948630; PMCID: PMC10502800.
Favuzzi E, Huang S, Saldi GA, Binan L, Ibrahim LA, Fernández-Otero M, Cao Y, Zeine A, Sefah A, Zheng K, Xu Q, Khlestova E, Farhi SL, Bonneau R, Datta SR, Stevens B, Fishell G. Cell. 2021 Jul 22;184(15):4048-4063.e32. doi: 10.1016/j.cell.2021.06.018. Epub 2021 Jul 6. Erratum in: Cell. 2021 Oct 28;184(22):5686. doi: 10.1016/j.cell.2021.10.009. PMID: 34233165; PMCID: PMC9122259.
Binan L, Mazzaferri J, Choquet K, Lorenzo LE, Wang YC, Affar EB, De Koninck Y, Ragoussis J, Kleinman CL, Costantino S. Nat Commun. 2016 May 20;7:11636. doi: 10.1038/ncomms11636. PMID: 27198043; PMCID: PMC4876456.
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